Центр создан с целью объединить все межведомственные автоматизированные системы для оказания на их базе услуг гражданам, организациям и госорганам с использованием информационно-коммуникационных технологий. РУП "НЦЭУ" займется разработкой соответствующих информационных систем, удостоверяющих центров электронных ключей (включая корневой) и межведомственных информсистем.